Microbiote : une riche communauté au cœur de l’intestin 

Certains micro-organismes sont capables de vivre en symbiose avec notre organisme. Présents dans les aliments fermentés ou les compléments alimentaires, ils rejoignent la communauté microbienne qui vit dans notre intestin que l’on appel microbiote intestinal. Ils se nourrissent de prébiotiques, issus des fibres abondantes dans les végétaux. 

Des milliards de microbes alliés, principalement des bactéries 

Le microbiote intestinal, que l’on appelait auparavant la flore intestinale, est constitué de différents microbes et virus. Si l’on y rencontre des archées – une forme de vie constituée d’une seule cellule –, des levures et des champignons, il abrite principalement des bactéries. 

Leur nombre est colossal puisque notre organisme hébergerait 40 000 milliards de bactéries, en grande partie au niveau de l’intestin et particulièrement du côlon. Ces bactéries sont plus nombreuses que nos propres cellules, dont le nombre est estimé à 30 000 milliards. 

Une signature individuelle d’espèces bactériennes

Les bactéries composant le microbiote intestinal sont très diverses, appartenant à environ 1000 espèces différentes. Certaines résident de façon permanente dans le tube digestif, tandis que d’autres n’en sont que des habitantes transitoires. 

Les espèces du genre Bacillus ont longtemps été considérées comme relevant de la seconde catégorie, ingérées occasionnellement avec l’eau ou les aliments consommés. On sait désormais qu’il s’agit bien de membres permanents du microbiote. 

La plupart des espèces bactériennes sont réparties dans quatre groupes principaux. Les plus abondants sont les Bacteroidetes et les Firmicutes, suivis par les Actinobactéries et les Protéobacteries. 

À l’image de notre patrimoine génétique qui est unique, chacun de nous possède un microbiote dont la composition microbienne est spécifique. 

La colonisation microbienne débute dès la naissance

Le microbiote intestinal commence à s’installer au moment de la naissance. Certains spécialistes soupçonnent toutefois une amorce du processus lors de la vie utérine, car le placenta héberge des microbes. 

Lors d’un accouchement par voie basse, le bébé est tout d’abord colonisé par les microbes vivant dans le vagin maternel. Ce processus n’a pas lieu pour les naissances par césarienne, où l’enfant est plutôt exposé aux microbes présents sur la peau de sa mère. 

Le lait maternel est riche en espèces bactériennes 

L’évolution du microbiote du nourrisson est ensuite influencée par son mode d’alimentation. Le lait maternel est une source précieuse de bactéries bénéfiques puisqu’il en contient plus de 700 espèces différentes. 

Il est également riche en oligosaccharides complexes qui nourrissent celles-ci. Le microbiote des enfants allaités au sein présente des singularités par rapport à celui des enfants nourris au biberon. 

Il est par exemple mieux pourvu en Bifidobactéries. La diversité des espèces composant le microbiote augmente encore lors de l’introduction de la nourriture solide. 

Elle s’enrichit dans les trois à cinq premières années de vie pour atteindre des caractéristiques proches de celles des adultes à cette période de l’enfance.