Quel est le rôle du microbiote dans la digestion ?

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La présence du microbiote intestinal est fondamentale pour nos fonctions digestives. Si ces microbes puisent dans les aliments que nous consommons les ressources nécessaires à leur survie, ils nous permettent en retour d’assimiler des composés indigestes. Cette activité contribue à couvrir le dixième de nos besoins énergétiques quotidiens environ.

Un équipement enzymatique complémentaire

Les bactéries du microbiote disposent en effet de certaines enzymes dont nous sommes dépourvues utiles pour notre digestion. L’une d’elles, Bacteroides thetaiotaomicron, produit par exemple 226 enzymes de la famille des glycosidases, qui permettent de digérer des sucres complexes issus des plantes, là où nos capacités sont bien plus limitées.
Les fibres alimentaires comme la cellulose, l’amidon, la pectine ou l’inuline transitent dans l’intestin grêle et atteignent le côlon, où elles vont être décomposées et fermentées par les bactéries alliées. Selon leur nature, ces composés sont plus ou moins accessibles à la digestion. Les fibres pouvant être utilisées par les bactéries sont qualifiées de prébiotiques.

Coopération entre microbes

Une grande diversité de micro-organismes de notre flore intestinale intervient pour assurer la dégradation des fibres alimentaires, dans une séquence bien déterminée.
Les décomposeurs primaires interviennent en premier lieu et découpent les sucres complexes en fragments de petite taille. Ils peuvent alors être métabolisés par les décomposeurs secondaires.
Les fructanes comme l’inuline subissent par exemple cette transformation en cascades. Les bifidobactéries les découpent en petites unités, libérant des monosaccharides (un sucre composé d’une seule unité) ou des oligosaccharides (un sucre composé de quelques unités). D’autres espèces bactériennes comme Roseburia intestinalis les utilisent pour les transformer en butyrate, qui fait partie de la famille des acides gras à chaîne courte.
Des gaz comme l’hydrogène, le méthane et le dioxyde de carbone sont également produits au cours du processus de fermentation des fibres dans le côlon.

Les bienfaits des acides gras à courte chaîne

Les trois principaux acides gras à courte chaîne produits par le microbiote intestinal sont l’acétate, le butyrate et le propionate. Ils exercent différents effets bénéfiques sur notre santé. Le butyrate est utilisé comme source d’énergie par les cellules qui tapissent le côlon. Doté de propriétés anti-inflammatoires et capables de renforcer la barrière intestinale, il jouerait un rôle préventif contre le cancer colorectal et les maladies chroniques inflammatoires de l’intestin.
Le propionate est prélevé par le foie, où il s’oppose à la fabrication des graisses. Ce dernier et l’acétate contribuent par ailleurs à réduire l’appétit et pourraient ainsi limiter le risque d’obésité et de troubles du métabolisme.

Optimisation de la micronutrition

Certaines bactéries peuplant l’intestin sont en mesure de produire des vitamines, palliant là encore nos limites. Par exemple, les bifidobactéries participent à couvrir nos besoins en vitamine B9. Ce nutriment contribue notamment au fonctionnement normal du système immunitaire et à la réduction de la fatigue.
Le microbiote intestinal synthétise également d’autres vitamines du groupe B (B1, B2, B3, B5, B6 et B8) et de la vitamine K. Cette production interne est toutefois insuffisante et doit être complétée par des apports alimentaires.

Amélioration de la biodisponibilité des nutriments dans notre alimentation

En parallèle de cette production directe de vitamines, le microbiote intestinal améliore nos apports en micronutriments d’une autre manière.
Les fibres alimentaires piègent en effet les vitamines, minéraux et autres composés d’intérêt comme les polyphénols aux propriétés antioxydantes. En digérant ces fibres, les bactéries les libèrent, les mettant ainsi à la disposition de l’organisme.